00001
00002
00003
00005 #ifndef DSU_H
00006 #define DSU_H
00007
00008 #include <string>
00009 #include <iostream>
00010
00011 using std::string;
00012
00013 namespace dsu {
00014
00015 void readFastaFile(string&, const string&);
00016 void readFastaHeader(string&, const string&);
00017 inline char comp(char);
00018
00019 enum Strand_t { ePos = 0, eNeg, eEither };
00020 enum side_t { eLeft=0, eRght, eSide };
00021 enum gbnd_t { eEndOfGene=0, eMdlOfGene, eGbnd };
00022
00023 Strand_t str2strnd(const string&);
00024 Strand_t coord2strnd(int,int);
00025
00026 const string& strnd2str(Strand_t);
00027
00028 bool ignoreCaseEqual(const string&, const string&);
00029
00030 }
00031
00032 #include "inline/dsu.hpp"
00033
00034 #endif // DSU_H