Main Page | Class Hierarchy | Class List | File List | Class Members

dsu.hpp

00001 
00002 // Copyright (c) 2003, The Institute for Genomic Research (TIGR), Rockville,
00003 // Maryland, U.S.A.  All rights reserved.
00005 namespace dsu {
00006 
00007 inline char comp(char bp) {
00008    switch(bp) {
00009       case 'A' : return 'T'; 
00010       case 'C' : return 'G'; 
00011       case 'G' : return 'C'; 
00012       case 'T' : return 'A'; 
00013       case 'U' : return 'A'; 
00014       case 'Y' : return 'R'; 
00015       case 'R' : return 'Y'; 
00016       case 'K' : return 'M'; 
00017       case 'M' : return 'K'; 
00018       case 'B' : return 'V'; 
00019       case 'D' : return 'H'; 
00020       case 'H' : return 'D'; 
00021       case 'V' : return 'B'; 
00022       case 'N' : return 'N'; 
00023    case 'W' : return 'W';
00024    case 'S' : return 'S';
00025       case 'a' : return 't'; 
00026       case 'c' : return 'g'; 
00027       case 'g' : return 'c'; 
00028       case 't' : return 'a'; 
00029       case 'u' : return 'a'; 
00030       case 'y' : return 'r'; 
00031       case 'r' : return 'y'; 
00032       case 'k' : return 'm'; 
00033       case 'm' : return 'k'; 
00034       case 'b' : return 'v'; 
00035       case 'd' : return 'h'; 
00036       case 'h' : return 'd'; 
00037       case 'v' : return 'b'; 
00038       case 'n' : return 'n'; 
00039    case 'w' : return 'w';
00040    case 's' : return 's';
00041         case '\0': return '\0';
00042         default:
00043         std::cerr<<"Unrecognized character: ["<<bp<<"] (dsu::comp)"<<std::endl;
00044         return bp;
00045    }
00046 }
00047 
00048 }