• Annotation() : Annotation
• Combine() : Combine
• dpUpdate() : AnnotationItem
• getBestStart() : Annotation
• getGeneList() : Annotation
• hasStart() : RegionPrediction
• hasStop() : RegionPrediction
• InputData() : InputData
• insert() : RegionPrediction, AnnotationMatrix, Annotation
• isAccpBndry() : RegionPrediction
• isDonrBndry() : RegionPrediction
• isEndOfSeq() : RegionPrediction
• Main() : Main
• parseOnly() : CustomScore
• score() : RegionPrediction